Sanasto

2-Abz - 2-Aminobentsoyyli, yleensä yhdistyy 2,4-dinitrofenyylin (Dnp) tai 3-nitrotyrosiinin (NitroTyr) kanssa muodostaen fluorofori/sammuttaja-pareja. viritys 320 nm:ssä, emissio 420 nm:ssä.

3-Abz (m-aminobentsoehappo) voidaan nähdä -aminohappona. Kun m-aminobentsoehappo liitetään peptidiketjuihin, se johtaa jäykkään käänteeseen.

4-Abz (p-aminobentsoehappo, PABA), joka on luonnossa esiintyvä bentsoehappojohdannainen, voidaan myös käyttää jäykänä lineaarisena välikkeenä.

Abu, L- -aminobutyryyli ((S)-2-aminobutanoyyli), -aminovoihappo, on aminohappojohdannainen. Koska se on rakenteellisesti samankaltainen luonnollisten aminohappojen kanssa, sitä käytetään usein peptidien ja peptidimimeettien suunnittelussa ja synteesissä.

Ac edustaa asetyyliä. N-terminaalinen asetylaatio on yleinen stabiloiva muunnos peptideille luonnossa.

Acm, asetamidometyyli, voidaan poistaa käyttämällä Hg(II) tai Ag(I). Se on yksi yleisesti käytetyistä kysteiinin tiolisuojaryhmistä syntetisoitaessa peptidejä, joissa on useita disulfidisidoksia.

ACTH (adrenokortikotrooppinen hormoni) on aivolisäkkeen etuosan erittämä hormoni, joka stimuloi lisämunuaiskuorta tuottamaan kortikosteroideja.

Aad (L- -aminoadipiinihappo) on ei-proteinogeeninen aminohappo. Sen rakenne on samanlainen kuin glutamiinihapon (Glu), ja sen sivuketjussa on ylimääräinen metyleeniryhmä.

(2-Aminoetoksi)etikkahappoa, joka tunnetaan myös nimellä glysiinietyyliesteri tai glysiinietyyliamidi, voidaan käyttää väliaineena tai linkkerinä peptidimuunnossynteesissä.

1-(1'-adamantyyli)-1-metyylietoksikarbonyyli, erittäin happolabiili aminosuojaryhmä peptidisynteesissä, voidaan poistaa suojauksesta 3 % TFA/CH2Cl2:lla

AFC (7-amino-4-trifluorimetyylikumariini) on fluoresoiva yhdiste, jonka vapautuneen kumariinin viritys aallonpituudella 395-400 nm, emissio 495-505 nm:ssä.

Suuremman molekyylipainon omaavia lajeja muodostuu pienempien lajien ei-kovalenttisesta tarttumisesta johtuen. Erityisesti proteiineissa aggregaatio on denaturaation muoto, joka voi tapahtua ei-polaarisilla pinnoilla, joilla on sekundäärisiä rakenteita, kuten sellaisia, jotka tyypillisesti muodostavat molekyylinsisäisiä vuorovaikutuksia ja ovat hautautuneita proteiinin helikseihin ja -levyihin. Molekyylit ovat vuorovaikutuksessa toistensa kanssa muodostaen joskus liukenemattomia polymolekyylimuotoja. Aggregaatio eroaa oligomerisaation, oikein laskostuneiden natiiviproteiinien normaalin vuorovaikutuksen kanssa korkeamman asteen polymeerien muodostamiseksi.

AHX, aminoheksanoyyli, 6-aminoheksaanihappo, myös lyhennettynä Aca tai LC, käytetään tyypillisesti lyhyenä ei-polaarisena välikappaleena biotiinin, fluoroforien ja peptidisekvenssien välillä.

2-Aminoisovoihappo on harvinainen proteiiniton aminohappo, joka on pyrimidiinin aineenvaihdunnan lopputuote ja joka erittyy virtsaan ja jota esiintyy joissakin sieniperäisissä antibiooteissa. Käytetään myös korvaamaan luonnollisia aminohappoja peptidisynteesissä.

Alkoholit ovat orgaanisia yhdisteitä, joille on tunnusomaista yksi, kaksi tai useampia hydroksyyliryhmiä (-OH), jotka ovat kiinnittyneet hiiliatomiin alkyyliryhmässä tai hiilivetyketjussa. Peptidialkoholit ovat kliinisesti tärkeitä yhdisteitä, joita ei ole tutkittu riittävästi SAR-tutkimuksissa lääkekeksintöä varten. Esimerkiksi DAMGO on opioidireseptorin agonisti, joka on modifioitu alkoholilla C-päässä Tyr-{d-Ala}-Gly-{Me-Phe}-Gly-ol-sekvenssin kanssa. Sillä on korkea selektiivisyys ja affiniteetti μ-opioidireseptoreihin.

Aldehydi on orgaaninen yhdiste, jossa karbonyyliryhmä on kiinnittynyt hiiliatomiin hiiliketjun päässä. Peptidialdehydit ovat tärkeitä työkaluja biokemiassa ja kemiallisessa biologiassa proteaasien estämiseksi ja kemialliseksi poistamiseksi.

Aloc - Allyylioksikarbonyyli, aminoa suojaava ryhmä (lyhennetty myös Alloc). Suojaus voidaan poistaa Pd(PPh3)4:llä.

Alzheimerin tauti, jolle on tunnusomaista -amyloidiplakit ja tau-takaukset, johtuu synaptisista toimintahäiriöistä ja puhdistumareitin ongelmista, mikä aiheuttaa kognitiivista heikkenemistä.

7-Amino-4-metyylikumariini (AMC) on yleinen fluoresoiva koetin peptidien leimaamiseen proteaasitutkimuksissa. Sen konjugaatio peptidiin sammuttaa fluoresoivan signaalin, ja proteaasin pilkkomisen jälkeen vapautunut AMC voi kvantifioida entsyymiaktiivisuuden viritys-/emissiomaksimilla 345/445 nm. Esimerkiksi edullinen substraattifluoresoiva peptidi puhdistetun proteasomin trypsiinin kaltaisen aktiivisuuden määrittämiseksi, jonka sekvenssi on: Ac-Arg-Leu-Arg-AMC.

Eteisen natriureettinen peptidi (ANP), hormoni, jota sydämen eteiset tuottavat ja vapauttavat vastauksena lisääntyneeseen veren tilavuuteen ja paineeseen. Se säätelee nestetasapainoa ja verenpainetta edistämällä vasodilataatiota, lisäämällä virtsan tuotantoa (diureesia) ja vähentämällä natriumin takaisinimeytymistä munuaisissa. Nämä toimet auttavat torjumaan korkean verenpaineen ja nesteen ylikuormituksen vaikutuksia kehossa.

Antigeeniset peptidit ovat lyhyitä aminohapposekvenssejä, jotka on johdettu proteiineista tai muista biomolekyyleistä, jotka laukaisevat organismin immuunivasteen. Immuunijärjestelmä tunnistaa nämä peptidit vieraiksi tai vieraiksi keholle, mikä johtaa immuunisolujen, kuten T-solujen ja B-solujen, aktivoitumiseen. Antigeenisillä peptideillä on ratkaiseva rooli immuunivasteissa, mukaan lukien adaptiivinen vasta-ainetuotanto ja immuunimuistin kehittäminen. Niitä tutkitaan laajasti immunologiassa ja rokotekehityksessä, koska ne voivat laukaista spesifisiä immuunivasteita patogeenejä tai epänormaaleja soluja vastaan.

Asymmetristen 2-, 4- ja 8-haaraisten peptidien synteesi voidaan saavuttaa liittämällä strategisesti lysiiniä, arginiinia tai glutamiinihappoa peptidisekvenssiin.

Asymmetrinen dimetyyliarginiini (ADMA, Arg(Me)2) on luonnossa esiintyvä kemiallinen yhdiste ja endogeeninen typpioksidisyntaasin (NOS) estäjä. Fmoc-Arg(Me)2-OH (asymmetrinen) voidaan suoraan käyttää asymmetristä dimetyyliarginiinia sisältävien peptidien synteesiin.

5-Aminovalerihappo, voidaan käyttää väliaineena tai linkkerinä peptidimuunnossynteesissä.

Bentsyylioksimetyyli (Bom) on happolabiili imidatsolin suojaryhmä, jota käytetään Boc-SPPS-prosessissa histidiiniä sisältäville peptideille. Bentsyylioksimetyyli tuottaa erittäin reaktiivista formaldehydiä happokäsittelyn jälkeen. Siksi Bom pilkkoutuu parhaiten Cys:n, metoksiamiinin tai muiden aldehydien kanssa reagoivien yhdisteiden läsnä ollessa.

-aminohappojen aminoryhmä on kiinnittynyt -hiileen, joka on toinen hiiliatomi poissa karboksyyliryhmästä. -aminohapon yleinen rakennekaava voidaan esittää seuraavasti: R-CH(NH2)-COOH

B-tyypin natriureettinen peptidi (BNP), hormoni, jota tuottavat pääasiassa sydämen kammiot vasteena sydänlihassolujen liialliselle venymiselle. Sillä on ratkaiseva rooli verenpaineen ja nestetasapainon säätelyssä, ensisijaisesti edistämällä vasodilataatiota ja lisäämällä natriumin erittymistä munuaisten kautta.

t-butyylioksikarbonyyli (Boc) on erittäin hapan-labilea-amino-suojaryhmä peptidisynteesissä, voidaan pilkkoa TFA/metyleenikloridilla (1:1), HCl:lla etyyliasetaatissa tai dioksaanissa, 98 % muurahaishappo.

2-(4-Bifenylyyli)isopropyylioksikarbonyyli (Bpoc) on erittäin happo-labiili-aminosuojaryhmä peptidisynteesissä, voidaan lohkaista 1 % TFA/metyleenikloridilla.

Peptidejä, joissa on 2, 4 ja 8 haaraa, voidaan saada aikaan liittämällä strategisesti lysiini, arginiini tai glutamiinihappo peptidisekvenssiin.

t-butyylidimetyylisilyyli (TBS tai TBDMS) on Fmoc-SPPS:n kanssa yhteensopiva hydroksyylisuojaryhmä. Se on happolabiili ja fluoridi-ionit voivat pilkkoa sen selektiivisesti.

Bentsoyyli on asyyliryhmä, joka on usein lisätty peptidien N-päähän. Se on vähemmän polaarinen kuin asetyyli (Ac) ja voi olla pysyvä muunnos.

Bentsyyli (Bzl) alkyylitähde ja sivuketjun suojaryhmä, jota käytetään estämään alkoholit (Ser, Thr, Hyp) peptidisynteesissä. se voidaan pilkkoa vahvoilla hapoilla tai katalyyttisellä hydrogenolyysillä (esim. vety/Pd).

Kolekystokiniini (CCK) on peptidihormoni, jota tuottaa ylemmän suolen limakalvo ja jota esiintyy keskushermostossa. Se stimuloi sappirakon supistumista, haiman entsyymien vapautumista ja vaikuttaa erilaisiin ruoansulatuskanavan prosesseihin.

Kalsitoniinigeeniin liittyvä peptidi (CGRP) on 37-aminohappopeptidi, joka on sukua kalsitoniinille, amyliinille ja adrenomedulliinille. Sitä esiintyy kahdessa muodossa, -CGRP (CGRP I) ja -CGRP (CGRP II), joilla on samanlaiset biologiset aktiivisuudet. CGRP:tä esiintyy ensisijaisesti sensorisissa ja keskushermosoluissa, ja se vaikuttaa sydän- ja verisuonitoimintoihin, kalsiumaineenvaihduntaan ja sikiön verisuonten sävyyn. Sen reseptorit ovat G-proteiinikytkettyjä ja aktivoivat adenylaattisyklaasia, jotka ovat vuorovaikutuksessa reseptorin aktiivisuutta modifioivien proteiinien (RAMP) kanssa ligandispesifisyyden ja soluliikenteessä.

L-sykloheksyylialaniini (Cha) on fenyylialaniinin ei-polaarinen aminohappoanalogi, jossa aromaattinen rengas on korvattu sykloheksaanirenkaalla. Tämä substituutio mahdollistaa aromaattisten aminohappojen roolin tutkimisen vuorovaikutuksissa, kuten π-π-vuorovaikutuksissa, korvaamalla fenyylialaniinitähteet Cha:lla kokeissa.

L- -Sykloheksyyliglysiini (Chg) on ​​ei-polaarinen aminohappo, joka on steerisesti estynyt. Se toimii merkittävänä farmaseuttisena välituotteena ja löytyy myös luonnontuotteista.

Maksa ja muut kehon solut tuottavat luonnollisesti kolesterolia, mutta sitä voi tulla myös syömästämme ruoasta, erityisesti eläintuotteista, kuten lihasta, siipikarjasta ja täysrasvaisista maitotuotteista. Kolesterolia voidaan yhdistää peptideihin farmakokinetiikan parantamiseksi.

cis-hydroksiproliini, luonnollisen trans-hydroksiproliinin stereoisomeeri.

Sitrulliinia esiintyy proteiineissa arginiinitähteiden translaation jälkeisen entsymaattisen modifikaation seurauksena.

CMK on RSK2-kinaasi-inhibiittori, jolla on samanlainen teho, mutta vähemmän kemiallinen stabiilisuus kuin FMK.

C-tyypin natriureettinen peptidi (CNP) on verisuonten endoteelisolujen peptidi, joka tunnetaan verisuonia laajentavista vaikutuksistaan. Sillä on rakenteellisia ja fysiologisia yhtäläisyyksiä eteisten ja aivojen natriureettisten peptidien (ANP ja BNP) kanssa.

L- -Syklopentyyliglysyyli (Cpg) on ​​ei-polaarinen aminohappo, joka on steerisesti estynyt.

Peptidisekvenssissä se ainutlaatuinen tähde, joka on liitetty lineaariseen sekvenssiin aminoryhmällään, jättäen siihen vapaan karboksiryhmän. Tämän tähteen karboksyyliryhmä voi joutua modifikaatioihin, kuten amidaatioon tai, kuten pyroglutamaattiin, sisäiseen laktamointiin.

Syaniini 3 on punaisena fluoresoiva syaniiniväri, joka yleensä viritetään valonlähteellä noin 558 nm:ssä ja säteilee valoa noin 572 nm:ssä.

Cyanine 5 on syaniinivärifluorofori, joka emittoi lähi-infrapunafluoresenssia, jota yleensä virittää valonlähde noin 646 nm:ssä ja säteilee valoa noin 664 nm:ssä.

L-, -diaminovoihappo on ,ω-diaminohappo, ornitiinin (Orn) ja lysiinin (Lys) lyhyempi analogi. Sopivalla suojalla ,w-diaminohappoja voidaan modifioida selektiivisesti niiden Nco-asemassa tai sisällyttää haaroittuneiden peptidien tai dendrimeerien luomiseksi.

3-(Dimetyyliaminoatso)bentseeni-4-karboksyylihappo, on kromofori, joka on liitetty aminoryhmiin, jota käytetään biokemian ja molekyylibiologian sovelluksissa sammuttimena fluoresenssiresonanssienergian siirrossa (FRET), esim. EDANSin kanssa. DABCYL:n viritys 454 nm:ssä.

Dabsyyli, 4-dimetyyliaminobentseenisulfonyylikloridi, aminoryhmiin liitetty kromofori, jota käytetään sammuttimena yhdessä esim. EDANSin kanssa. Dabsyl-viritys 436 nm:ssä.

4-Dimetyyliamino-1-naftaleenisulfonyyli, aminoryhmiin liitetty fluorofori, viritys 342 nm:ssä, emissio 562 nm:ssä.

L-, -diaminopropionihappo (Dap tai Dpr) on ,ω-diaminohappo, joka on diaminovoihapon (Dab), ornitiinin (Orn) ja lysiinin (Lys) lyhyempi analogi. ,w-diaminohappojen modifioituja johdannaisia ​​voidaan muuttaa selektiivisesti niiden Nco-asemassa tai sisällyttää haaroittuneiden peptidien tai dendrimeerien luomiseksi.

1-(4,4-Dimetyyli-2,6-dioksosykloheks-1-ylideeni)etyyli (Dde) on aminoa suojaava ryhmä, jota käytetään peptidisynteesissä. Se voidaan pilkkoa selektiivisesti käyttämällä 2 % hydratsiinihydraattia dimetyyliformamidissa (DMF). Nω-Dde mahdollistaa Dde:n spesifisen poistamisen aminohapoista, kuten Dap, Dab, Orn tai Lys Fmoc-kiinteäfaasipeptidisynteesin (SPPS) jälkeen, mikä helpottaa Nco-aminoryhmän modifiointia hartsilla.

Disulfidisidokset ovat kovalenttisia sidoksia, jotka muodostuvat proteiinien kysteiinitähteiden kahden sulfhydryyliryhmän (-SH) välille.

2,4-dimetoksibentsyyli on happolabiili formamidisuojaryhmä, jota käytetään palautuvaan rungon modifiointiin peptidisynteesissä. Ne sisällytetään kiinteän faasin peptidisynteesin (SPPS) aikana aminohappoina tai dipeptidinä Fmoc-Dmb (Fmoc-Xaa-DmbYaa-OH), jossa Fmoc estää peptidien aggregaatiota ja siten edistää tehokasta pidentymistä. Dmb edistää myös syklisaatioreaktioita ja estää asparagimidin muodostumista. Toisin kuin Hmb-johdannaiset, Dmb ei muodosta bentsoksatsepiineja aktivoitumisen aikana.

2,4-Dinitrofenyyli on aminoryhmiin konjugoitu kromofori, jota käytetään yleisesti sammuttimena fluoresenssiresonanssienergian siirtosubstraateissa (FRET).

4,4'-dimetoksidityyli, joka tunnetaan myös nimellä bis-(4-metoksifenyyli)metyyli, on happolabiili karboksamidisuojaryhmä, joka on yhteensopiva Fmoc-kiintofaasipeptidisynteesin (SPPS) kanssa.

DOPA, 3,4-dihydroksifenyylialaniini, on useiden tärkeiden välittäjäaineiden, kuten dopamiinin, norepinefriinin ja epinefriinin, esiaste.

(4,7,10-trikarboksimetyyli-1,4,7,10-tetra-atsasyklododekyyli)etikkahappo, lyhennettynä DOTA, on syklinen kelaattori, joka on tyypillisesti kiinnittynyt peptidien N-päähän. DOTA helpottaa peptidien leimaamista radionuklideilla, kuten 68Ga tai 90Y erilaisissa biolääketieteellisissä sovelluksissa, mukaan lukien kuvantaminen ja kohdennettu hoito.

Difenyylimetyyli (dityyli), happolabiili N-, O- ja S-suojaryhmä.

Dietyleenitriamiinipentaetikkahappo (DTPA) on käyttökelpoinen kelatoiva aine radionuklideille, kuten (68)Ga:lle, (99m)Tc:lle ja (111)In:lle, joita voidaan soveltaa isotooppilääketieteen kuvantamiseen.

5-[(2-Aminoetyyli)amino]naftaleeni-1-sulfonihappo (EDANS) on fluorofori, joka on yleisesti liitetty diaminohappojen, kuten lysiinin, Nω:hen. Sitä käytetään usein FRET-substraateissa, tyypillisesti yhdistettynä sammuttimiin, kuten DABCYL. EDANSin viritysaallonpituus on 340 nm ja se emittoi aallonpituudella 490 nm.

Endoteelimonosyyttejä aktivoiva polypeptidi.

Etyyliä, metyylin (Me) alkyyliryhmää ja homologia, käytetään pysyviin N- ja S-etylaatiomodifikaatioihin peptideissä.

Epitooppikartoitus (antigeeniepitooppikartoitus) on tekniikka, jota käytetään määrittämään tietyt alueet (eli antigeeniepitoopit) antigeenistä, jotka vasta-aineet tai immuunijärjestelmä voivat tunnistaa. Antigeeniepitoopit voidaan jakaa lineaarisiin epitooppeihin ja konformaatioepitooppeihin. Antigeeniepitooppikartoituksen avulla voimme syvästi ymmärtää antigeenin rakenteen ja toiminnan välistä suhdetta, jolla on suuri merkitys rokotteen kehittämisessä, sairauden diagnosoinnissa, immunoterapiassa ja muissa näkökohdissa.
Joitakin yleisesti käytettyjä antigeeniepitooppikartoitusmenetelmiä ovat:
Röntgenkristallografia: Se voi analysoida suoraan antigeenin kolmiulotteisen rakenteen ja määrittää siten epitoopin sijainnin.
Ydinmagneettinen resonanssi: Sitä voidaan käyttää myös antigeenin rakenteen analysointiin epitoopin määrittämiseksi.
Peptidiskannaustekniikka: Useiden päällekkäisten synteettisten peptidisegmenttien käyttäminen vasta-aineeseen sitoutuvan epitoopin tunnistamiseen.
Esimerkiksi rokotteiden tutkimuksessa ja kehittämisessä antigeenin tärkeimpien epitooppien selvittäminen auttaa suunnittelemaan tehokkaampia rokotteita ja indusoimaan kohdistetumpaa immuunivastetta; sairauksien diagnosoinnissa tiettyihin sairauksiin liittyvien antigeeniepitooppien määrittäminen voi kehittää tarkempia diagnostisia reagensseja.

5-FAM (5-karboksifluoreseiini) on fluorofori, jota käytetään yleisesti biomolekyylien leimaamiseen ja jonka viritysaallonpituus on 490 nm ja emissio 520 nm:ssä.

Fluoreseiini-6-karbonyyli on aminoryhmiin kiinnittynyt fluorofori, jonka viritysaallonpituus on 490 nm ja emissio 520 nm:ssä.

Fluoreseiini-isotiosyanaatti (FITC) on fluorofori, joka reagoi aminoryhmien kanssa. Kun peptidi merkitään sen N-päähän FITC:llä, tavallisesti liitetään välikappale, kuten -alaniini tai Ahx. FITC:n viritysaallonpituus on 490 nm ja emissio 520 nm:ssä.

9-Fluorenyylimetyyli on emäslabiili suojaryhmä, jota käytetään O- ja S-suojaukseen.

FMK, fluorimetyyliketoni, on palautumaton RSK2-kinaasin estäjä.

9-Fluorenyylimetoksikarbonyyli (Fmoc), aminosuojaryhmä FMOC:n kiinteäfaasisynteesissä, voidaan poistaa 20 % piperidiini/DMF:llä.

Formyyli on Boc-SPPS:ssä käytetty indolisuojaryhmä. Trp(For):n pilkkoo HF merkaptaanin tai emästen, kuten piperidiinin, läsnä ollessa.

Fluoresenssiresonanssienergian siirto (FRET) on ei-säteilyenergian siirtoa viritetystä fluoroforista (luovuttaja) sopivalle vastaanottajalle (sammuttajalle). Siirto riippuu luovuttajan ja vastaanottajan etäisyydestä, dipoliorientaatiosta ja spektrin limityksestä. FRET-substraateissa fluorofori ja sammuttaja on kytketty peptidiketjun kautta. Entsymaattinen pilkkominen lisää fluoresenssia erottamalla luovuttajan ja vastaanottajan.

Fluoresenssi on valoa tai muuta sähkömagneettista säteilyä absorboivan aineen lähettämää valoa. Tämä tapahtuu, kun fluoroforeiksi kutsutut molekyylit absorboivat tietyn aallonpituuden omaavia fotoneja, virittyvät ja lähettävät sitten fotoneja ja palaavat perustilaansa. Lähetetyllä valolla on tyypillisesti pidempi aallonpituus ja pienempi energia kuin absorboidulla valolla, mikä johtaa tyypilliseen fluoresenssispektriin. Tätä ilmiötä käytetään laajalti erilaisiin tieteellisiin ja lääketieteellisiin tarkoituksiin, mukaan lukien mikroskopia, virtaussytometria ja fluoresenssispektroskopia.

Mahaa estävä polypeptidi (GIP), joka tunnetaan myös nimellä glukoosiriippuvainen insulinotrooppinen peptidi, kuuluu hormonien sekretiiniperheeseen. Se stimuloi insuliinin eritystä, estää mahahapon eritystä ja sillä on ratkaiseva rooli insuliinierityksen ja glukoosin homeostaasin säätelyssä.

L- -Karboksiglutamiinihappoa (Gla) muodostuu glutamiinihapon translaation jälkeisessä karboksylaatiossa, mikä johtaa proteiineihin, jotka pystyvät sitomaan kalsiumioneja, kuten osteokalsiinia. Gla-pitoiset peptidit syntetisoidaan ihanteellisesti käyttämällä Fmoc solid-phase peptid synthesis (SPPS) -menetelmää, koska Gla voi läpikäydä dekarboksylaation, jolloin saadaan glutamiinihappoa vahvojen happojen läsnä ollessa.

Glukagonin kaltaiset peptidit ovat proglukagonin C-terminaalisesta alueesta peräisin olevien peptidihormonien glukagonien superperheen jäseniä. Niitä syntetisoivat ensisijaisesti suoliston L-solut.

Gonadotropiinia vapauttava hormoni (LHRH) on dekapeptidihormoni, jota tuotetaan hypotalamuksen hermoston erityssoluissa ja vapautuu sykkivästi aivolisäkkeen portaalin verenkiertoon. Sykkivä eritys on kriittinen lisääntymistoiminnalle, seksuaaliselle kehitykselle ja erilaistumiselle.

Kasvuhormonia vapauttava hormoni (GHRH), joka tunnetaan myös nimellä somatoreliini, on hypotalamuksen peptidihormoni, joka stimuloi aivolisäkettä vapauttamaan ja syntetisoimaan kasvuhormonia.

Kasvuhormonia vapauttava hormoni (GHRH), joka tunnetaan myös nimellä somatoreliini, on hypotalamuksen peptidihormoni, joka stimuloi aivolisäkettä vapauttamaan ja syntetisoimaan kasvuhormonia.

Ihmisen leukosyyttiantigeeni (HLA) tarkoittaa ryhmää proteiineja, jotka löytyvät solujen pinnasta ja joilla on ratkaiseva rooli immuunijärjestelmän vieraiden aineiden tunnistamisessa. Niitä koodaavat ihmisen tärkeimmät histokompatibiliteettikompleksin (MHC) geenit, ja ne ovat välttämättömiä antigeenien esittämiselle T-soluille, mikä mahdollistaa immuunijärjestelmän erottamisen oman ja ei-itsesolun välillä. HLA-molekyylit ovat erittäin monipuolisia ja polymorfisia, ja ne edistävät merkittävästi yksilöllisiä immuunivasteita ja alttiutta autoimmuunisairauksille ja siirteen hylkimisreaktiolle.

2-hydroksi-4-metoksibentsyyli on happolabiili formamidisuojaryhmä, jota käytetään palautuvaan rungon modifiointiin peptidisynteesissä. Se sisällytetään aminohapona tai Fmoc-Hmb-dipeptidinä (Fmoc-Xaa-HmbYaa-OH) kiinteän faasin Fmoc-peptidisynteesin (SPPS) aikana, mikä estää aggregaatiota ja mahdollistaa tehokkaan peptidin pidentämisen. Hmb auttaa myös syklisaatioreaktioissa ja estää asparagiinin muodostumisen.

L-Homoarginiini on L-arginiinin homologi, lyhennettynä Har, ja sitä löytyy plasmasta ja virtsasta. Homoarginiini on seurausta lysiinin guanidinaatiosta, joka voidaan suorittaa myös peptideille ja proteiineille.

Homositrulliini on L-sitrulliinin homologi, lyhennettynä Hci, ja se voidaan havaita ihmisen virtsasta.

L-homokysteiini on kysteiinin homologi, lyhennettynä Hcy, ja sitä tuotetaan metioniinin demetylaatiolla. Kohonneet veren Hcy-tasot ovat riskitekijä sydän- ja verisuonisairauksille ja hermoston rappeutumissairauksille. Toisin kuin Cys-johdannaiset, Hcy-johdannaiset eivät rasemisoidu kytkennän aikana, eivätkä -elimin.

L-leusiinin homologit, lyhennettynä Hle.

Homofenyylialaniini, fenyylialaniinin homologi, lyhennettynä Hph, on ACE:n ja reniinin estäjien komponentti. Fmoc-Homophe-OH on mahdollinen tulehdusta ehkäisevä lääke.

L-homoproliini tai L-pikolihappo, lyhennettynä Pip tai Hpr. Proliinihomologi Hpr on L-lysiinin hajoamistuote. Molemmat enantiomeerit voidaan havaita ihmisen plasmasta. Koska proliinitähteet vaikuttavat voimakkaasti peptidin konformaatioon, Pron korvaaminen Hpr:llä (tai atsetidiini-2-karboksyylihapolla (Aze)) voi muuttaa sen toissijaista rakennetta.

L-transhydroksiproliinia tuotetaan translaation jälkeen proliinin hapettuessa. Hyp on tärkeä osa kollageenia ja simpukkaproteiinia.

Isoseriini, L-seriinin isomeeri, on -aminohappo.

ivDde, aminosuojaryhmä, voidaan poistaa suojauksesta ja pilkkoa 2-prosenttisella hydratsiinihydraatilla DMF:ssä. ivDde on vakaampi kuin Dde useiden piperidiinikäsittelyjen toistumiseen Fmoc-SPPS:n aikana. Nω-ivDde voidaan poistaa selektiivisesti Dapista, Dab Ornista tai Lysistä, mikä mahdollistaa Nω-aminoryhmän synteettisen hartsin päällä tapahtuvan modifioinnin.

Keyhole limpet -hemosyaniini (KLH) on suuri happea kuljettava monialayksikköinen metalloproteiini, jota löytyy jättiläismäisen avaimenreen limpet hemosyaniinin hemolymfistä. Antigeenin kantajana KLH yleensä parantaa immunogeenisyyttä ja antigeenin kiinnityskykyä kytkemällä kohdepolypeptidisekvenssejä, mikä edistää merkittävästi tehokkaiden, spesifisten ja toiminnallisten vasta-aineiden muodostumista.

Luteinisoivaa hormonia vapauttava hormoni (LHRH tai GnRH) on dekapeptidihormoni, jonka syntetisoivat hypotalamuksen hermosolut ja vapautuvat sykkivästi aivolisäkkeen portaalin verenkiertoon. Sykkivä eritys on kriittinen lisääntymistoiminnalle, seksuaaliselle kehitykselle ja erilaistumiselle.

Peptidisuunnittelussa ja -synteesissä tutkijat voivat lisätä linkkerin biotiinin tai fluoresoivan aineen ja peptidien väliin. Yleinen hydrofobinen välike on aminoheksaanihappo (Ahx) ja yleinen hydrofiilinen välike on poly(etyleeniglykoli) (PEG).

Pakastekuivausprosessi, joka poistaa nestettä lämpöherkistä materiaaleista. Materiaali jäädytetään, sijoitetaan korkeaan tyhjiöön ja säilytetään alhaisissa lämpötiloissa. Tyhjiön synnyttämä paine saa jään muuttumaan kiinteästä tilasta kaasumaiseen tilaan kulkematta nestemäisen tilan läpi. Peptidit toimitetaan yleensä lyofilisoituna jauheena.

Nestekromatografia-massaspektrometria on monipuolinen analyyttinen tekniikka, joka yhdistää nestekromatografian massaspektrometriaan saadakseen yksityiskohtaista tietoa monimutkaisten näytteiden sisältämien molekyylien koostumuksesta ja rakenteesta.

Useita antigeenisiä peptidejä. Multiple Antigenic Peptide on yksi tehokas tapa tuottaa korkeatiitterisiä anti-peptidivasta-aineita ja synteettisiä peptidirokotteita.

Matriisiavusteinen laserdesorptio/ionisaatiomassaspektrometria (MALDI-MS) on analyyttinen tekniikka, jota käytetään ionien massa-varaussuhteen mittaamiseen. Se on erityisen hyödyllinen biomolekyylien, kuten peptidien, proteiinien ja polymeerien, analysointiin.

Massaspektrometria (MS) on tehokas analyyttinen tekniikka, jota käytetään ionien massa-varaussuhteen (m/z) mittaamiseen.

4-Metoksi- -naftyyliamidi, lyhennettynä MNA:na, on fluorofori, joka on yleensä kiinnittynyt karboksipeptidaasisubstraattiin C-päästä. Pilkottu 4M NA virittyy 335-350 nm:llä ja emittoi 410-440 nm:llä

Metoksibentseenisulfonyyli (Mbs) on guanidyylisuojaryhmä, jota käytetään Boc-pohjaisessa kiinteäfaasisessa peptidisynteesissä (Boc-SPPS). Tästä suojaryhmästä voidaan poistaa suojaus lohkaisemalla fluorivetyllä (HF).

4-Metyylibentsyyli (Mbzl) on sulfhydryylisuojaryhmä, jota käytetään Boc-pohjaisessa kiinteäfaasisessa peptidisynteesissä (Boc-SPPS). Mbzl on vakaampi kuin metoksibentsyyli (Mob) toistuvissa trifluorietikkahappokäsittelyissä (TFA), ja se voidaan poistaa fluorivety (HF) pilkkomalla.

(7-Metoksikumariini-4-yyli)etikkahappo (Mca) on fluorofori, joka voidaan liittää aminoryhmään.
Mca sitoutuu dinitrofenyyliin (Dnp) fluoresenssiresonanssienergiansiirto- (FRET) -substraateille. Viritysaallonpituus on 325 nm ja emissioaallonpituus 392 nm.

Melaniinia keskittyvä hormoni (MCH) on syklinen neuropeptidi, joka eristettiin ensin kaloista ja rotista. MCH osallistuu ensisijaisesti ihon pigmentaation säätelyyn teleostisissa kaloissa ja ruokintakäyttäytymisessä nisäkkäillä.

Metyyli, yksinkertaisin alkyylisubstituentti, osallistuu N-, O- ja S-metylaatioon, jotka muodostavat pysyviä modifikaatioita peptidissä.

3-Metoksisukkinyyli, joka vastaa deaminoitua Asp(OMe:tä), on polaarinen N-terminaalinen estoryhmä, joka sisällytetään yleisesti karboksipeptidaasisubstraatteihin.

Metylaatio on peptidien ja proteiinien translaation jälkeinen modifikaatio (PTM), jossa metyyliryhmä (-CH3) lisätään entsymaattisesti tiettyihin aminohappotähteisiin, tavallisesti lysiiniin (Lys), arginiiniin (Arg), histidiiniin (His) tai glutamaattiin ( Glu). Tämä modifikaatio voi vaikuttaa merkittävästi proteiinin toimintaan, stabiiliuteen ja vuorovaikutuksiin muiden molekyylien kanssa, ja sillä on siten keskeinen rooli erilaisten soluprosessien säätelyssä, mukaan lukien geeniekspressio, signaalinsiirto ja proteiini-proteiini-vuorovaikutukset.

Suurin histokompatibiliteettikompleksi (MHC) on geneettinen alue, joka sisältää geenejä, jotka koodaavat MHC-molekyylejä. Näillä molekyyleillä on ratkaiseva rooli immuunijärjestelmässä ja autoimmuniteetissa. Ihmisillä tämä kompleksi tunnetaan myös ihmisen leukosyyttiantigeenijärjestelmänä (HLA).

MHC-luokan I (MHC I) -molekyylit ovat solun pinnalla olevia proteiineja, jotka esittelevät peptidejä solun sisältä sytotoksisille T-soluille. Tämä auttaa immuunisoluja tunnistamaan ja tuhoamaan tartunnan saaneet tai epänormaalit solut, mikä on ratkaisevan tärkeää immuunipuolustukselle patogeeneja ja syöpää vastaan.

MHC-luokan II (MHC II) molekyylit ovat solun pintaproteiineja, jotka esittelevät vieraista aineista peräisin olevia peptidejä auttaja-T-soluille. Tämä vuorovaikutus on välttämätön immuunivasteiden koordinoimiseksi ja muiden immuunisolujen aktivoimiseksi patogeeneja vastaan.

Monometyloitunut arginiini (MMA) on translaation jälkeinen modifikaatio, jossa yksi metyyliryhmä (-CH3) lisätään entsymaattisesti peptidin tai proteiinin arginiinitähteen guanidinotypeen.

3-merkaptopropyyliamiini, voidaan käyttää peptidiligandina tai modifiointiaineena erilaisissa biokemiallisissa ja biolääketieteellisissä sovelluksissa.

Myristoylaatio on lipidin modifiointiprosessi, jossa myristoyyliryhmä, joka koostuu 14-hiilityydytetystä rasvahaposta, on kovalenttisesti kytketty peptidin N-päähän. Tämä modifikaatio auttaa ankkuroimaan proteiinin solukalvoon, mikä helpottaa sen paikantamista ja osallistumista erilaisiin soluprosesseihin.

-(1-naftyyli)-L-alaniini on ei-polaarinen aminohappojohdannainen, joka on samanlainen kuin fenyylialaniini, mutta jossa on naftyyliryhmä fenyyliryhmän sijaan.

-(2-Naftyyli)alaniini on ei-polaarinen aminohappojohdannainen, joka on samanlainen kuin fenyylialaniini, mutta jossa on naftyyliryhmä fenyyliryhmän sijaan.

3-nitrobents-2-oksa-1, 3-diatsoli (NBD) lisätään tavallisesti konjugoimalla reagenssi NBD-Cl peptidiin. NBD-leimattuja peptidejä valitaan laajasti niiden käyttökelpoisuuden vuoksi kalvoihin ja solubiologiaan keskittyvissä tutkimuksissa.

N-etyyliamidia voidaan pitää C-terminaalisen alaniinin dekarboksyloituneena muotona. LHRH-agonistibusereliinissa NHEt toimii C-terminaalisen glysiiniamidin analogina. Peptidi-N-etyyliamidi kestää karboksipeptidaasien aiheuttamaa hajoamista.

L-norleusiini (Nle) on L-metioniinin vakaa isosteri. Kun peptidin biologinen aktiivisuus vaarantuu sulfoksidin muodostumisen vuoksi, Met voidaan korvata Nle:llä muuttamatta tyypillisesti sen toiminnallista käyttäytymistä.

NOTA, 1,4,7-triatsasyklononaani-1,4,7-trietikkahappo, on bifunktionaalinen kelaattori, joka toimii puitteena PET-kuvaustyökalujen rakentamiselle. Sitä käytetään myös anturin suunnittelussa ja signaalin vahvistamisessa moniarvoisten vaikutusten avulla, ja sillä on mahdollisia sovelluksia diagnostisena galliumradiofarmaseuttisena aineena.

N-Me viittaa tavallisesti N-metylaatioon, kemialliseen modifikaatioon, jossa metyyliryhmä (-CH3) on kiinnittynyt molekyylin typpiatomiin, kuten N-Me-Gly, N-Me-Ser, N-Me. -Tyr, N-Me-Thr, N-Me-Asp, N-Me-Glu, N-Me-Ala, N-Me-Phe, N-Me-Leu, N-Me-Ile, N-Me-Val, N-Me-Met, N-Me-Nle, N-Me-Nva jne.

NODAGA,1,4,7-triatsasyklononaani,1-glutaarihappo-4,7-dietikkahappo on erinomainen bifunktionaalinen kelataattori organometallisten radiofarmaseuttisten valmisteiden suunnitteluun ja kehittämiseen, ja se tarjoaa merkittäviä käyttömahdollisuudet diagnostisessa kuvantamisessa ja kohdennetussa sädehoidossa.

2-Nitrofenyylitio (Nps) on S-suojaryhmä, jota käytetään Boc-pohjaisessa kiinteäfaasisessa peptidisynteesissä (Boc-SPPS). Tiolit voivat pilkkoa sen, erityisesti kysteiinin vapaan sulfhydryyliryhmän (Cys) kautta, mikä johtaa samanaikaiseen disulfidisidoksen muodostumiseen.

Neuropeptidi Y (NPY) on näkyvä neuropeptidi aivoissa ja osa neuropeptidi Y -perhettä, joka sisältää haiman polypeptidin (PP) ja peptidin YY (PYY).

2-Nitro-2-pyridyylisulfenyyli (Npys) on S-suojaryhmä, joka on yhteensopiva Boc-pohjaisen kiinteän faasin peptidisynteesin (Boc-SPPS) kanssa. Tiolit voivat pilkkoa Npy:t, erityisesti kysteiinin vapaan sulfhydryyliryhmän (Cys) kautta, mikä johtaa samanaikaiseen disulfidisidoksen muodostumiseen.

Norvaliini on ei-polaarinen alifaattinen aminohappo ja -aminovoihapon (Abu) homologi.

-Naftyyliamidi on fluorofori, jota käytetään yleisesti karboksipeptidaasisubstraateissa, tyypillisesti kytkettynä peptidien C-päähän. Pilkottu NA virittyy 330 nm:ssä ja emittoi 370 nm:ssä.

-Naftyyliamidi on fluorofori, jota käytetään yleisesti karboksipeptidaasisubstraateissa, tyypillisesti kytkettynä peptidien C-päähän. Pilkottu NA:ssa 320-340 nm, emissio 410-420 nm:ssä.

Allyyliesteri on karboksyyliä suojaava ryhmä, joka on yhteensopiva sekä Fmoc- että Boc-pohjaisen kiinteän faasin peptidisynteesin (SPPS) kanssa. Kuten Aloc, allyyliesterit voidaan poistaa selektiivisesti käsittelemällä Pd(PPh3)4:llä. Fmoc-SPPS:ssä Asp(OAll) on herkkä emäskatalysoidulle aspartimidin muodostumiselle.

Bentsyyliesteri, karboksyylisuojaryhmä, voidaan poistaa katalyyttisellä hydrauksella (esim. H2/Pd) tai vahvoilla hapoilla.

OcHex on tavallinen karboksyylisuojaryhmä, jota käytetään Boc-pohjaisessa kiinteäfaasisessa peptidisynteesissä (Boc-SPPS).

4-(N-[1(4,4-dimetyyli-2,6-dioksosykloheksylideeni)-3-etyylibutyyli]amino)bentsyyliesteri (ODmab) on karboksyyliä suojaava aine ryhmä, jota käytetään Fmoc-pohjaisessa kiinteäfaasisessa peptidisynteesissä (Fmoc-SPPS). Se voidaan pilkkoa ja poistaa suojaus käyttämällä 2-prosenttista hydratsiinihydraattia DMF:ssä.

2,4-Dimetoksibentsyyliesteri on erittäin happolabiili karboksyylisuojaryhmä, joka voidaan poistaa käyttämällä 1 % TFA:ta dikloorimetaanissa.

Etyyliesteri Etyyliesterien poistamiseen vaadittavien tiukkojen olosuhteiden vuoksi peptidien modifiointi etyyliestereillä voi parantaa niiden lipofiilisyyttä ja stabiilisuutta.

9-Fluorenyylimetyyliesteri on emäslabiili karboksyylisuojaryhmä, joka voidaan poistaa piperidiinillä DMF:ssä.

Heksyyliesterit, Koska etyyliesterien poistamiseen vaaditaan tiukkoja olosuhteita, peptidien modifiointi etyyliestereillä voi parantaa niiden lipofiilisyyttä ja stabiilisuutta.

L-otahydroindoli-2-karboksyylihappo (Oic) on ei-polaarinen estynyt aminohappo. Tämän proliiniin liittyvän aminohapon liittäminen polypeptidisekvenssiin vaikuttaa voimakkaasti peptidin konformaatioon.

Metyyliesterit ovat puolipysyviä C-terminaalisia suojaryhmiä nestefaasisynteesissä, ja ne voidaan muuttaa peptidihydratsideiksi, reaktiivisten peptidatsidien esiasteiksi. Atsidikytkentä on edelleen suosituin fragmenttien kytkentämenetelmä nestefaasipeptidisynteesissä.

3-Metyylipent-3-yyliesteri (OMpe) on happolabiili karboksyylisuojaryhmä, jota käytetään usein suojaamaan asparagiinihapon (Asp) karboksyyliryhmää Fmoc-pohjaisessa kiinteäfaasisessa peptidisynteesissä (Fmoc-SPPS). Tämä steerisesti vaativampi tert-butyyliesterianalogi kehitettiin erityisesti vähentämään emäskatalysoitua asparagimidin muodostumista.

Boc- tai Z-aminohappojen orto-nitrofenyyliesterit ovat esiaktivoituja johdannaisia, joita käytetään peptidiliuossynteesissä.

Ornitiinia (Orn) tuotetaan arginiinista ureasyklin aikana, ja sitä voidaan havaita myös peptideissä arginiinin hajoamistuotteena. Ornin muodostuminen arginiinin guanidiiniosan asyloimalla on yleinen sivureaktio peptidisynteesissä.

Hydroksisukkinimidiesteri (OSu, lyhennettynä NHS) on esiaktivoitu aminohappojohdannainen, jota käytetään yleisesti peptidisynteesissä, erityisesti peptidin modifioinnissa. OSu-esterit ovat turvallisia, ei-steerisiä, yhteensopivia vesijärjestelmien kanssa ja helppoja käsitellä.

Tert-butyyliesteri, happolabiili karboksyylisuojaryhmä aminohappoja varten peptidisynteesissä.

4-aminobentsoehappo (para-aminobentsoehappo), Voidaan käyttää vasta-aine-lääkekonjugaattilinkkereiden synteesiin. Esimerkiksi Mal-PEG2-Val-Cit-PABA on pilkkoutuva vasta-ainelääkekonjugaatti (ADC) -linkkeri.

PABC (para-aminobentsyylikarbamaatti) on kemiallinen yhdiste, jota käytetään vasta-aine-lääkekonjugaattien (ADC) synteesissä linkkerinä. Se helpottaa lääkkeiden kiinnittymistä vasta-aineisiin hallitusti, mikä mahdollistaa lääkkeiden kohdennetun annostelun syöpähoidoissa ja muissa biolääketieteellisissä sovelluksissa. Esimerkiksi Mc-Val-Cit-PABC-PNP on katepsiinilla pilkottava linkkeri, jota käytetään vasta-aine-lääkekonjugaateissa (ADC).

Aivolisäkkeen adenylaattisyklaasia aktivoiva polypeptidi (PACAP) on erittäin konservoitunut neuropeptidi, joka ilmentyy näkyvästi kaikkialla nisäkkään aivoissa. Se käyttää biologisia vaikutuksia lisäämällä solunsisäisiä syklisiä AMP-tasoja reseptorivuorovaikutuksen kautta.

Palmitoyyli, ei-polaarinen asyyliryhmä, joka on lisätty N-päähän tai sivuun. Palmitoylaatio on myös havaittu proteiinien translaation jälkeisenä modifikaationa.

Fenyyliasetamidimetyylihartsi on hartsi, joka on suunniteltu erityisesti Boc-pohjaiseen kiinteäfaasiseen peptidisynteesiin (Boc-SPPS). Tälle hartsille syntetisoidut peptidit voidaan vapauttaa käyttämällä HF-pilkkomista.

Vasta-aine-lääkekonjugaateissa (ADC:t) linkkeri yhdistää vasta-aineen sytotoksiseen hyötykuormaan. Hyötykuorman valinta on kriittinen, koska se määrittää ADC:iden tehokkuuden ja spesifisyyden hoidon toimittamisessa kohdekudoksiin spesifisten vapautumismekanismien kautta.

2,2,4,6,7-Pentametyylidihydrobentsofuraani-5-sulfonyyli (Pbf) on edullinen guanidino-suojaryhmä, jota käytetään Fmoc-pohjaisessa kiinteäfaasisessa peptidisynteesissä (Fmoc-SPPS). Sillä on hieman korkeampi happolabiteetti verrattuna Pmc:hen.

Penisillamiini on L-kysteiinin analogi, jolle on tunnusomaista metyyliryhmän (-CH3) substituutio karboksyylihapolla (-COOH).

Peptidien itsekokoonpanossa peptidit järjestäytyvät luonnollisesti järjestetyiksi rakenteiksi ilman ulkopuolista puuttumista. tätä prosessia ohjaavat ei-kovalenttiset vuorovaikutukset, kuten vetysidos, hydrofobiset vuorovaikutukset, sähköstaattiset voimat ja π-π pinoutuminen. Peptidien itsekokoonpano voi johtaa erilaisten nanorakenteiden muodostumiseen, mukaan lukien kuidut, pallot, levyt ja geelit, joilla on sovelluksia materiaalitieteessä, biotekniikassa ja lääketieteessä.

Fenyyliasetyyli (Phenylac tai Phac) on asyyliryhmä, joka on tyypillisesti kytketty peptidien N-päähän, jolle on tunnusomaista pienempi polaarisuus verrattuna asetyyliin (Ac). Se muodostaa peptidien pysyvän muunnelman.

fenyyliglysiini (Phg) on ​​aminohappojohdannainen, jossa fenyyliryhmä korvaa vetyatomin glysiinimolekyylissä

Peptidi Histidiini-isoleusiini (PHI), sian peptidi, joka liittyy VIPiin ja sekretiiniin.

Peptidihistidiinimetioniini (PHM), ihmisen peptidi, joka liittyy VIP:hen.

Isoelektrinen piste (pI) määritellään pH-tasoksi, jolla proteiinin/peptidin nettovaraus on nolla (Smoluch et al., 2016).

2,2,5,7,8-Pentametyylikromaani-6-sulfonyyli (Pmc) on guanidinyylisuojaryhmä, jota käytetään yleisesti Fmoc-pohjaisessa kiinteäfaasisessa peptidisynteesissä (Fmoc-SPPS). Sen on havaittu olevan hieman vähemmän happolabiili verrattuna Pbf:ään.

p-nitroaniliini, kromofori, on tyypillisesti konjugoitu karboksipeptidaasisubstraattien C-päähän. Vapautuneen p-nitroaniliinin absorptio mitataan yleensä aallonpituuksilla noin 405 tai 410 nm.

L-proparglylglysiiniä (Pra) tuottavat mikro-organismit. Tätä aminohappoa, jolle on tunnusomaista sen kolmoissidosrakenne, pidetään korkeasti perustavanlaatuisena yksikkönä syntetisoimaan peptidejä, jotka kykenevät osallistumaan "klikkauskemiallisiin" reaktioihin, ja se saa merkittävää huomiota alalla.

Lisäkilpirauhashormoni (PTH) on lisäkilpirauhasten vapauttama peptidihormoni, joka on ratkaisevan tärkeä kalsiumin ja fosforin homeostaasin ylläpitämisessä solunulkoisessa nesteessä.

Proteiinien translaation jälkeiset modifikaatiot (PTM:t) lisäävät funktionaalisia ryhmiä tai proteiineja, leikkaavat säätelyalayksiköitä tai hajottavat kokonaisia ​​proteiineja. Nämä muutokset, kuten fosforylaatio, glykosylaatio, metylaatio, asetylaatio, lipidaatio, ubikvitinaatio, nitrosylaatio ja proteolyysi, vaikuttavat siihen, miten solut toimivat normaalisti ja sairauden aikana. PTM:ien ymmärtäminen on ratkaisevan tärkeää perustutkimukselle ja uusien hoitojen löytämiselle.

pyroglutamiinihappo, joka tunnetaan myös lyhenteillä, kuten Pgl, Glp, pGlu tai

fenyyliatsobentsyylimetoksikarbonyyli on peptidisynteesissä käytetty kromoforinen N-suojaryhmä, joka voidaan lohkaista katalyyttisellä hydrauksella tai vahvalla hapolla. Sen suurimmat absorptioaallonpituudet ovat 229 nm, 320 nm ja 441 nm.

Sammutuspari koostuu fluoresoivasta molekyylistä (fluoroforista) ja sammuttajamolekyylistä, jota käytetään fluoresenssipohjaisessa tutkimuksessa ja määrityksissä. Sammutin absorboi fluoroforin lähettämän valon vähentäen sen fluoresenssia. Kun fluorofori ja sammuttaja erotetaan, esimerkiksi biokemiallisen reaktion kautta, fluoresenssisignaali kasvaa. Näin tutkijat voivat mitata reaaliaikaisia ​​muutoksia ja vuorovaikutuksia. Tätä tekniikkaa käytetään yleisesti sovelluksissa, kuten reaaliaikainen PCR, molekyylikoettimet ja FRET (Förster Resonance Energy Transfer) -määritykset.

Fluori-18 on radioligandi, jota käytetään yleisesti PET-kuvauksessa glukoosin aineenvaihdunnan arvioimiseen kudoksissa, ja sitä käytetään yleisesti syövän diagnosoinnissa ja aivojen kuvantamisessa.

Satunnainen peptidikirjasto on kokoelma monia satunnaisesti luotuja lyhyitä peptidisekvenssejä. Jokaisella kirjaston peptidillä on tietty määrä aminohappoja satunnaisesti määritetyillä sekvensseillä, jotka luovat monipuolisen valikoiman peptidimolekyylejä. Tutkijat käyttävät näitä kirjastoja peptidien seulomiseen, joilla on erityisiä ominaisuuksia, biologisia aktiivisuuksia tai vuorovaikutuksia kohdemolekyylien kanssa. Ne ovat erityisen hyödyllisiä lääkekehityksessä, immunologiassa ja proteiinien ja proteiinien välisten vuorovaikutusten tutkimuksissa, mikä auttaa tunnistamaan uusia terapeuttisia aineita ja ymmärtämään monimutkaisia ​​biologisia prosesseja.

Jäännös on yksittäinen aminohappo peptidissä tai proteiinissa. Kun aminohapot liittyvät toisiinsa peptidisidoksilla muodostaen nämä ketjut, kutakin aminohappoyksikköä kutsutaan tähteeksi. Tätä termiä käytetään, koska peptidisidoksen muodostumisen aikana jokainen aminohappo menettää vesimolekyylin (H2O) jättäen jälkeensä niin sanotun jäännöksen.

Hartsi on liukenematon polymeeri, jota käytetään kiinteäfaasisessa peptidisynteesissä (SPPS) kiinteänä kantajana aminohappojen jatkuvaan lisäykseen. Hartsihelmet tarjoavat vakaan ja inertin pinnan, johon alkuperäiset aminohapot ovat kovalenttisesti kiinnittyneet, mikä mahdollistaa peptidiketjun rakentamisen tähde tähteeltä.

Rodamiini B on kirkkaan vaaleanpunaisesta punaiseen väriaine, jonka viritysaallonpituus on yleensä noin 540-570 nm ja emittoituneen valon alue 560-580 nm. Se on tavallisesti konjugoitu peptidisekvenssiin peptidin N-terminaalisen aminoryhmän kautta

Korkean suorituskyvyn käänteisfaasinestekromatografi.

Structure-Activity Relationship (SAR) -lääkkeet kehitetään tutkimalla lääkkeen kemiallisen rakenteen ja sen biologisen aktiivisuuden välistä suhdetta.

Sarkosiini, yksinkertaisin N-alkyloitu aminohappo.

Symmetrinen dimetyyliarginiini (SDMA, Arg(Me)2), Fmoc-Arg(Me)2-OH (symmetrinen) voidaan suoraan käyttää symmetristä dimetyyliarginiinia sisältävien peptidien synteesiin.

Kiinteän faasin peptidisynteesi (SPPS) on menetelmä peptidien kemialliseen synteesiin, jossa peptidit kootaan vaiheittain kiinteälle alustalle tai hartsille lisäämällä peräkkäin suojattuja aminohappoja. SPPS kattaa kaksi strategiaa: Fmoc-SPPS ja Boc-SPPS, jotka eroavat toisistaan ​​N-aminoryhmiä suojaavien ryhmien (Fmoc tai Boc) ja sivuketjun suojaryhmien valinnassa. Valitun N-aminosuojaryhmän tyyppi sanelee sivuketjun suojausstrategian ja olosuhteet peptidin lopulliselle katkaisulle hartsista.

Statiini, lyhennettynä Sta, on proteiiniton aminohappo, jota käytetään usein peptidimimeettien suunnittelussa, erityisesti proteaasi-inhibiittoreiden synteesissä.

Tert-butyylitio (StBu) on S-suojaryhmä, joka lohkaistaan ​​fosfiinipelkistyksellä ja on yhteensopiva Boc-SPPS:n kanssa.

Sukkinyyli on polaarinen N-terminaalinen modifikaatio, joka vastaa deaminoitua aspartaattia ja sisällytetään tyypillisesti karboksipeptidaasisubstraatteihin.

TAMRA, lyhennetty myös TMR:ksi, on fluorofori, joka voidaan kiinnittää aminoryhmään. Sitä käytetään usein yhdessä FAM:n kanssa FRET-alustoille. TAMRA:n viritysaallonpituus on 485 nm ja emissioaallonpituus 535 nm.

Tert-butyyli on happolabiili suojaryhmä, jota käytetään yleisesti alkoholeille ja fenoleille ja joka voidaan lohkaista käyttämällä trifluorietikkahappoa (TFA).

Trietyyliammoniumfosfaatti on puskuri, jota käytetään käänteisfaasi-HPLC:n liikkuvissa faaseissa.

Trifluorietikkahappoa (TFA) käytettiin peptidin pilkkomiseen hartsista Fmoc-SPPS:ssä ja tBu-peräisten suojaryhmien poistamiseen.

Trifluorimetaanisulfonihappo (TFMSA) on vahvempi happo kuin TFA. TFMSA:ta voidaan käyttää turvallisempana vaihtoehtona erittäin myrkylliselle HF:lle Boc-SPPS-strategian viimeisessä katkaisuvaiheessa.

L-tert-leusiini (Tle) on ei-polaarinen aminohappo, jossa on steerisesti vaativia sivuketjuja, jotka horjuttavat kierteitä.

2,4,6-Trimetoksibentsyyli on happolabiili Asn- ja Gln-amidisuojaryhmä, jota käytetään Fmoc-SPPS:ssä.

Tosyyliä käytetään guanidiinin ja imidatsolin suojaryhmänä Boc-SPPS:ssä, ja se voidaan poistaa Na/NH3:lla.

Trityyli (Trt) on happolabiili suojaryhmä, jota käytetään Asn-, Cys-, Gln- ja His-tähteille Fmoc-SPPS:ssä. Se voidaan poistaa selektiivisesti käyttämällä trifluorietikkahappoa (TFA).

Puhtaat peptidit ovat tyypillisesti olemassa valkoisena jauheena pakastekuivauksen jälkeen.

Vasoactive intestinal peptide (VIP) on 28-aminohappopeptidi, joka kuuluu glukagoni-greliini-sekretiinipeptidien superperheeseen.

9-Ksanthydryyli (Xan) on happolabiili amidisuojaryhmä, jota käytetään Asn- ja Gln-tähteisiin Boc-SPPS:ssä. Xaani voidaan poistaa selektiivisesti käyttämällä TFA:ta.

Kun peptidi on leimattu FAM-fluoreseiinilla, lyofilisoitu jauhe näyttää tyypillisesti keltaisen ulkonäön.

Z-bentsyylioksikarbonyyliä, lyhennettynä Z tai Cbz, käytetään aminosuojaryhmänä peptidisynteesissä. Se voidaan poistaa käyttämällä hydrogenolyysiä tai vahvoja happoja puhtaana HF:nä tai HBr/etikkahappona.