Liuottimien vaikutus peptidien liukoisuuteen
Peptidien liukoisuuteen vaikuttaa niiden aminohappokoostumus. Hydrofobiset aminohapot, kuten leusiini (Leu), isoleusiini (Ile) ja valiini (Val), tekevät peptideistä hydrofobisia, kun taas hydrofiiliset aminohapot, kuten lysiini (Lys), histidiini (His), arginiini (Arg) tekevät peptideistä hydrofiilisiä. Siksi eri peptideillä on erilainen liukoisuus niiden koostumuseroista johtuen.
Liuottimien vaikutus peptidin stabiilisuuteen
Deamidaatioreaktio
Deamidaatioreaktiossa asparagiini (Asn) ja glutamiini (Gln) jäännösten hydrolyysi muodostaa asparagiinihappoa (Asp) ja glutamiinihappoa (Glu). Nämä reaktiot voivat vaikuttaa peptidien stabiilisuuteen.
Hapetus
Peptidiliuokset ovat alttiita hapettumiselle, mikä voi johtua peroksidikontaminaatiosta liuoksessa tai itse peptidin spontaanista hapettumisesta. Hapetus ei vaikuta ainoastaan peptidien rakenteeseen, vaan voi myös johtaa niiden toiminnan menettämiseen.
Hydrolyysi
Peptidisidokset hydrolysoituvat ja katkeavat helposti, erityisesti Asp:n muodostamat peptidisidokset.
Disulfidisidoksen muodostumisvirhe
Vaihto disulfidisidosten välillä tai disulfidisidosten ja tioliryhmien välillä voi johtaa väärien disulfidisidosten muodostumiseen, mikä johtaa tertiäärisen rakenteen muutoksiin ja aktiivisuuden menettämiseen.
Raseeminen reaktio
Glysiiniä (Gly) lukuun ottamatta kaikkien aminohappotähteiden alfa-hiiliatomit ovat kiraalisia ja alttiita rasemisoitumisreaktioihin alkalisen katalyysin aikana. Niistä asparagiinihappojäännökset (Asp) ovat alttiimpia rasemointireaktioihin.
- eliminointi
- eliminaatiolla tarkoitetaan hiiliatomin funktionaalisten ryhmien poistamista aminohappotähteistä. Tämä reaktio tapahtuu todennäköisemmin emäksisessä pH:ssa, ja myös lämpötila ja metalli-ionit vaikuttavat siihen.
Liuota peptidit ympäristöystävällisiin liuottimiin
Peptidejä liuotettaessa voidaan käyttää pientä määrää N-metyylipyrrolidonia (DMF) tai dimetyylisulfoksidia (DMSO) liukenemisen apuna. Nämä kaksi liuotinta voivat edistää liukenemista häiritsemällä peptidien sekundaarista rakennetta. On kuitenkin huomattava, että nämä liuottimet voivat häiritä peptidien biologista aktiivisuutta ja myöhempää tutkimustyötä, joten niitä käytettäessä tulee noudattaa varovaisuutta.
Johtopäätös
Yhteenvetona voidaan todeta, että ympäristöystävälliset liuottimet, kuten DMF ja DMSO, voivat auttaa peptidien liuottamisessa häiritsemällä niiden sekundaarirakennetta, mutta niiden käytöllä voi olla vaikutusta peptidien rakenteeseen ja biologiseen aktiivisuuteen. Siksi ympäristöystävällisiä liuottimia valittaessa ja käytettäessä on tarpeen punnita niiden vaikutus peptidin rakenteeseen ja liukoisuuteen peptidien stabiilisuuden ja biologisen aktiivisuuden varmistamiseksi.