Suojaryhmien tehtävänä on eristää tiettyjä funktionaalisia ryhmiä synteesiprosessin aikana, suojaten niitä häiriöiltä ja poistaa suojaryhmät vasta spesifisten reaktioiden päätyttyä kohdemolekyylin aktiivisuuden palauttamiseksi. Suojaryhmien poistoprosessi vaatii yleensä lieviä olosuhteita kohdemolekyylin vahingoittumisen välttämiseksi. Esimerkiksi menetelmä ROH:n poistamiseksi suojatuista alkoholeista on yleensä tuottaa eettereitä (ROR') tai estereitä (ROCOR') ja sitten hydrolysoida tai tehdä happamaksi ne sopivissa olosuhteissa.
Yhteenvetona voidaan todeta, että suojaavien ryhmien rooli PNA-synteesissä on ratkaiseva, koska se varmistaa monimutkaisten molekyylien tehokkaan synteesin, välttää ei-kohdereaktiot ja se voidaan poistaa selektiivisesti tarvittaessa puhdistettujen PNA-tuotteiden saamiseksi.