Peptidien epästabiilisuuden syiden ymmärtämisen jälkeen vahvistettiin vuosien kokemuksen perusteella peptidisynteesistä, että on olemassa seuraavat ratkaisut peptidin stabiilisuuden parantamiseksi.
1) Kohdennettu mutaatio
Peptidien epästabiilisuutta aiheuttavien tähteiden korvaaminen tai peptidin stabiilisuutta lisäävien tähteiden lisääminen geenitekniikan avulla voi parantaa peptidin stabiilisuutta.
2) Kemiallinen modifiointi
Peptideille on olemassa monia kemiallisia modifiointimenetelmiä, joista PEG-modifikaatio on tutkituin. PEG on vesiliukoinen polymeeriyhdiste, joka on biohajoava ja myrkytön in vivo. PEG voi parantaa peptidien liukoisuutta sitoutumisen jälkeen, säädellä biologista yhteensopivuutta, parantaa lämpöstabiilisuutta, vastustaa proteaasin hajoamista, vähentää antigeenisyyttä ja pidentää puoliintumisaikaa in vivo. Sopivien modifiointimenetelmien valitseminen ja modifikaatioasteen hallinta voi parantaa fyysistä kuntoa tai tehostaa alkuperäistä biologista aktiivisuutta.
3) Lisäaineet
Lisäämällä lisäaineita, kuten sokereita, polyoleja, gelatiinia, aminohappoja ja tiettyjä suoloja, voidaan parantaa peptidien stabiilisuutta. Sokeri ja polyolit pakottavat enemmän vesimolekyylejä ympäröimään proteiineja pieninä pitoisuuksina, mikä parantaa peptidien stabiilisuutta. Kylmäkuivausprosessin aikana edellä mainitut aineet voivat myös korvata vettä ja muodostaa vetysidoksia peptidien kanssa stabiloidakseen niiden luonnollista konformaatiota ja voivat myös nostaa pakastekuivattujen tuotteiden lasittumislämpötilaa. Lisäksi pinta-aktiiviset aineet, kuten SDS, Tween, Pluronic, voivat estää peptidien pintaadsorptiota, aggregaatiota ja saostumista.
4) Pakastekuivaus
Peptideissä esiintyvät kemialliset reaktiot, kuten deamidaatio, beetan eliminaatio, hydrolyysi jne., edellyttävät veden osallistumista, joka voi toimia myös liikkuvana faasina muille reagoiville aineille. Lisäksi vesipitoisuuden lasku voi nostaa peptidien denaturaatiolämpötilaa. Siksi pakastekuivaus voi parantaa peptidien stabiilisuutta.